Né à Carcassonne, Jean-Louis commence très jeune ses premières études musicales dans sa ville natale. Il les poursuit ensuite à Paris, à la Schola Cantorum auprès des plus grands maîtres pour le piano, l'orgue, ainsi que dans la classe de Pierre Lantier, professeur a conservatoire National supérieur pour l'écriture musicale (harmonie, contrepoint, fugue, composition et orchestration). Il perfectionne ses études d'orgue auprès de Marie-Louise Girod et suit les cours d'interprétation de la musique des 17è et 18è siècles de l'académie de Saint Maximin de Provence.
En 1965, il est nommé organiste à la Basilique Saint Nazaire de Carcassonne.
En 1979, il est chargé de la création du c Conservatoire de Musique de la Principauté d'Andorre dont il va assurer la direction pendant dix ans.
Docteur en Musicologie de l'Université de Paris-Sorbonne, il a publié de nombreux articles dans les revues spécialisées françaises et étrangères. La société de Musicologie de Languedoc a édité son remarquable ouvrage sur le facteur d'orgues Jean-François l'Épine. Il a participé par ailleurs en qualité de spécialiste, à l'inventaire des orgues de la Région Languedoc-Roussillon, publié chez Edisud.
Comme concertiste, Jean-Louis BERGNES s'est produit chaque fois avec succès au cours de récitals d'orgue en France et à l'étranger (Espagne, Italie, Autriche...). Il a enregistré un disque consacré à l'oeuvre d'orgue de Louis Marchand et a fondé en 1989 les éditions " Disque Coriolan " qui, principalement consacrées à la mise en valeur de la musique d'orgue, obtiennent par leur qualité, une reconnaissance internationale.